Tiền thân của đội bóng Sanna Khánh Hòa BVN là đội trẻ U21 của KHATOCO Khánh Hòa sau khi đội 1 chuyển giao cho Hải Phòng và các đội trẻ chuyển về trả lại cho Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch quản lý năm 2013.
Thấy được tiềm năng của đội bóng và sự nhiệt huyết của HLV, cầu thủ và người hâm mộ. Công ty TNHH MTV Nhà nước Yến Sào tỉnh Khánh Hòa đã nhận tài trợ cho đội bóng tham gia thi đấu giải hạng Nhì quốc gia 2013 và đội đã vô địch năm đó. Năm 2014, đội thi đấu giải hạng Nhất quốc gia và xếp thứ nhì, được thăng hạng lên chơi ở V.League năm 2015.
Từ đó đến mùa giải 2020, với màu cờ sắc áo của Công ty Yến Sào Khánh Hòa và Nhà tài trợ Công ty CP bóng đá biển Việt Nam, gọi tắt là CLB Sanna Khánh Hòa BVN đã có nhiều thành tích và lấy lại niềm tin cho thể thao tỉnh nhà.
Thi đấu không thành công tại Giải VĐQG 2019, mùa giải 2020, Sanna Khánh Hòa BVN thi đấu tại Giải HNQG 2020. Mùa giải 2021, đội bóng thi đấu với tên gọi CLB Khánh Hòa. Mùa giải 2023/24, CLB Khánh Hòa thi đấu không thành công và xuống hạng Nhất. Mùa giải 2024/25, CLB đổi tên CLB Khatoco Khánh Hòa, thi đấu tại giải Hạng Nhất Quốc gia Bia Sao Vàng 2024/25.
Khatoco Khánh Hòa
Sân Nhà
SVĐ 19/8 Nha Trang (Sức chứa: 18.000 người)Huấn luyện viên
Trần Trọng Bình