Ngày 23/9/2013, Công ty CP bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam và BTC giải đã quyết định Công nhận danh hiệu cho các Câu lạc bộ (CLB) đạt được tại Giải bóng đá Cúp Quốc gia – Eximbank 2013, theo đó:
CLB đoạt cúp: CLB Xi Măng The Vissai Ninh Bình (trao tiền thưởng 1 tỷ đồng); CLB thứ nhì: CLB SHB Đà Nẵng (500 triệu đồng); CLB đồng giải ba CLB Đồng Nai & CLB Đồng Tâm Long An (200 triệu đồng) .
Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày ký. Các ông Trưởng BTC giải, Trưởng phòng Hành chính Nhân sự, Trưởng Phòng Tổ chức Thi đấu, các phòng chức năng của Công ty Cổ phần Bóng đá Chuyên nghiệp Việt Nam, các Câu lạc bộ có tên tại Điều 1 chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này.