Tiền thân của đội là Đội bóng đá Long An, thành lập năm 1976. Là một đội bóng đại diện cho tỉnh Long An, do Sở Thể dục Thể thao Long An quản lý, kể từ khi thành lập cho đến năm 2000, đội thường xuyên chỉ thi đấu lên xuống giữa giải hạng Nhất và hạng Nhì.
Năm 2000 CLB thực hiện chủ trương xã hội hóa thể thao và chuyển sang mô hình chuyên nghiệp giao cho Công ty cổ phần Đồng Tâm quản lý với tên gọi Gạch Đồng Tâm Long An.
Năm 2008 rút ngắn tên gọi là Đồng Tâm Long An. Ở giai đoạn này, đội bóng gặt hái được khá nhiều thành công, từng 2 lần giành ngôi vô địch tại Giải VĐQG, và 1 lần đoạt Cúp Quốc gia.
Ngày 12/12/2015, đổi tên thành CLB Long An do Công ty CP phát triển bóng đá Long An quản lý. Sau nhiều năm thi đấu không đạt được thành tích cao, tại Giải VĐQG 2017, Long An đã bị xuống hạng thi đấu tại Giải HNQG 2018. Mặc dù nỗ lực với mục tiêu thăng hạng để trở lại thi đấu tại hệ thống giải cấp CLB cao nhất Việt Nam, tuy nhiên hiện nay đội bóng vẫn đang thi đấu tại hệ thống giải Hạng Nhất Quốc gia.
Từ mùa giải 2024/25, đội bóng Long An được quản lý bởi Trung tâm Huấn luyện và thi đấu Thể thao Long An.