Trong công tác quản lý, tổ chức, điều hành giải đấu, vấn đề An ninh an toàn luôn được đề cao hàng đầu, với sự góp sức của không chỉ lực lượng an ninh, bảo vệ sân, mà hầu như tại tất cả các trận đấu của các Giải BĐCN, đặc biệt tại Giải VĐQG đều có sự xuất hiện của lực lượng công an, cảnh sát cơ động hỗ trợ BTC địa phương đảm bảo cho trận đấu được diễn ra đúng kế hoạch, cũng như sự an toàn của cầu thủ, Trọng tài, lực lượng làm nhiệm vụ tại Giải và cả người hâm mộ đến sân.
Với sức “nóng” của mùa giải khi bước vào những vòng đấu cuối, có tính chất quyết định về thứ hạng của mùa giải, lường trước những vấn đề nảy sinh đến an ninh, an toàn, BĐH các Giải BĐCN QG đã đề nghị và nhận được sự hỗ trợ hợp tác của Bộ Tư lệnh CSCĐ K20 – Bộ Công An. Ông Nguyễn Ngọc Thanh – Cục trưởng Cục tham mưu tác chiến K20 – Phó Ban Điều hành Các Giải BĐCN QG 2018 cho biết sẽ có chỉ đạo phối hợp với lực lượng CSCĐ tại các địa phương tổ chức giải, theo đó các trận đấu của giải sẽ được bố trí tăng cường lực lượng CSCĐ tham gia vào công tác an ninh và đảm bảo an toàn.
Bên cạnh việc hợp tác với Bộ Tư lệnh CSCĐ, Ban Điều hành các Giải BĐCN QG 2018 cũng đã lên kế hoạch phối hợp với BTC trận đấu địa phương đề nghị tăng cường chuẩn bị các phương án dự phòng tình huống xấu có thể xảy ra. Đặc biệt yêu cầu BTC địa phương phải đảm bảo có đủ lực lượng cảnh sát giữ trật tự và nhân viên kiểm soát một cách hữu hiệu tại các cổng ra vào sân. Kiểm soát chặt chẽ khán giả khi vào sân vận động, không cho mang bất cứ vật gì có thể sử dụng làm vũ khí (chai thuỷ tinh, chai nhựa, gạch đá, pháo nổ, pháo sáng, …);
Việc chuẩn bị các phương án dự phòng cho công tác an ninh an toàn là cần thiết, tuy nhiên điều mong muốn hơn cả chính là văn hóa cổ vũ của các khán giả – những cầu thủ thứ 12 của các đội bóng. Với mong muốn bóng đá Việt Nam ngày một phát triển, cũng như hình ảnh của giải đấu bóng đá chuyên nghiệp ngày được nâng cao, mong là các khán giả sẽ có ý thức để những hình ảnh cổ vũ sôi động, văn minh sẽ xuất hiện ngày một nhiều hơn trên các khán cả nước.