Tuy vậy, những rắc rối đầy tai tiếng xảy ra với ông sau cột mốc này. Năm 1996, trọng tài Nguyễn Tuấn Hùng bị các cầu thủ Công an TP HCM đuổi đánh trên sân Cao Lãnh. Khi đó, hai danh thủ Chu Văn Mùi và Lê Huỳnh Đức quá tức giận khi cho rằng trọng tài Nguyễn Tuấn Hùng xử ép Công an TP HCM giúp Đồng Tháp thắng 3-1 để lên ngôi vô địch.
5 năm sau, trọng tài Nguyễn Tuấn Hùng là người bắt chính trận đấu “lịch sử” giữa SLNA và Công an TP HCM ở V.League 2001. Sau này, trận thắng 4-3 của đội bóng xứ Nghệ bị phanh phui là màn kịch mua Cup và ông Hùng tiếp tục chịu tiếng xấu.
Năm 2002, trọng tài Nguyễn Tuấn Hùng tuyên bố treo còi. Sau khi từ giã sự nghiệp, ông từng đảm nhận cương vị Phó chủ nhiệm bộ môn bóng đá Trung tâm huấn luyện Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Hà Nội.
Tập thể cán bộ nhân viên Công ty VPF xin gửi lời chia buồn sâu sắc tới gia đình ông Nguyễn Tuấn Hùng.
